| 6 ECTS | |
| 30 P + 30 A | |
| 0% primjene e-učenja | |
| Odjel za fiziku (Sceduly) |
| Nositelji: Željka Sanader MaršićSuradnici: |
| Ciljevi predmeta |
| Glavni cilj predmeta je upoznati studente s dostupnim alatima koje bioinformatika nudi za potrebe analiziranja sekvence i strukture proteina te nukleinskih kiselina kako bi do kraja kolegija bili samostalni u izvođenju analiza. |
| Uvjeti (kompetencije) za upis predmeta |
| Za uspješno praćenje kolegija bioinformatika potrebno je predznanje biokemije i biofizike. Točnije, potrebno je poznavanje strukture i fizikalno-kemijskih svojstava nukleotida i aminokiselina što je pokriveno prethodno slušanim kolegijima studenata. |
| Očekivani ishodi učenja |
| 1)poznavanje alata za uspoređivanje sekvenci nukleinskih kiselina |
| 2)poznavanje alata za uspoređivanje sekvenci proteina |
| 3)predviđanje strukture proteina |
| 4)samostalnost u odabiru alata prema potrebama analize |
| 5)samostalnost u interpretaciji rezultata dobivenim korištenjem bioinformatičkih alata |
| 6)razvoj kritičnosti prema javno dostupnim bioinformatičkim alatima, tj. sposobnost prepoznavanja lažno-negativnih i lažno-pozitivnih rezultata. |
| Sadržaj predmeta |
| Uvod u bioinformatiku, upoznavanje s poviješću i razvojem bioinformatike – 4 sata predavanja |
| Upoznavanje s bazama podataka: literaturne baze podataka (NCBI), baze podataka genskih i proteinskih sekvenci (NCBI, SWISSPROT, UNIPROT, CATH, SCOP), proteinskih struktura (PDB), funkcionalnih domena proteina (PFAM) te cjelovitih genoma (ENSEMBL) – 6 sati predavanja, 4 sata vježbi |
| Poravnavanje sekvenci nukleinskih kiselina i proteina, alati za poravnavanje sekvenci: TCOFFEE, MCOFFEE, Clustal – 4 sata predavanja, 6 sati vježbi |
| Predviđanje sekundarne i tercijarne strukture proteina: modeliranje po homologiji te alati koji se koriste za navedena predviđanja (PSI-PRED, Modeller, Phyre, Threader) – 5 sati predavanja, 6 sati vježbi |
| Programi za vizualizaciju strukture proteina – 3 sata predavanja, 4 sata vježbi |
| Uvod u molekularnu dinamiku proteina – 4 sata predavanja, 8 sati vježbi |
| Predviđanje sekundarne i tercijarne strukture nukleinskih kiselina – 4 sata predavanja, 2 sata vježbi |
| Vrste izvođenja nastave |
| - Predavanja - Vježbe - Samostalni zadaci |
| Obveze studenata |
| Obveze studenata uključuju redovno dolaženje na predavanja i vježbe kao i interakcija s predavačem: rješavanje zadataka na predavanjim i vježbama. |
| Praćenje rada studenata (ECTS) |
| - Pohađanje nastave (1) - Istraživanje (2) - Seminarski rad (1) - Usmeni ispit (2) |
| Ocjenjivanje i vrjednovanje rada studenata |
| U ocjenu studenata ulazi njihova prisutnost na nastavi kao i sposobnost praćenja nastave koja je procijenjena na temelju uključenosti studenata u raspravu vezanu za određenu temu i u rješavanje zadataka na predavanjima i praktičnoj nastavi. Na kraju kolegija, u okviru ispita, studenti su morali rješiti zadatak (svaki student svoj zadatak) koji je uključivao primjenu kompletnog sadržaja pokrivenog kolegijem. Time je testirano ne samo znanje studenata, već i samostalnost u rješavanju bioinformatičkih problema. Kao usmeni dio ispita, studenti su morali prezentirati zadatak i njegovo rješenje, kao i braniti odabir odrđenih alata koje su odlučili koristiti u rješavanju problema. Njihova usješnost u tome je najvećim dijelom odredila njihovu ocjenu. |
| Obvezna literatura |
| Arthur Lesk: Introduction to Bioinformatics |
| Charles Cantor: Biophysical Chemistry Part I, The Conformation of biological Macromolecules |
| Izborna literatura |
| Des Higgins and Willie Taylor's "Bioinformatics: Sequence Structure and Databanks |
| Načini praćenja kvalitete |
| Rješavanje zadataka na predavanjima i vježbamaRješavanje zadatka završnog ispitaSposobnost objašnjenja odabira bioinformatičkih alata korištenih u rješavanju zadataka. |
| Izvedba |
|
Sveučilišni diplomski studij • Fizika; smjer: Biofizika (obvezni 1. i 3. sem.) • Fizika i informatika; smjer: nastavnički (izborni 1. sem.) • Matematika i fizika; smjer: nastavnički (izborni 3. sem.) |
| Napomene: Vrste nastave (tip): (P) Predavanja; (S) Seminari; (A) Auditorne vježbe; (PK) Vježbe u praktikumu; (L) Laboratorijske vježbe; (M) Metodičke vježbe; (TJ) Vježbe tjelesnog odgoja; (T) Terenske vježbe. Prije početka nastave moguće su rošade izvođača nastave u svrhu optimizacije opterećenja. Prikazana je testna verzija automatskog generiranja informacija. |