PMP142: Praktikum iz biofizike (251486)

4 ECTS
	10 P + 40 L
	0% primjene e-učenja
	Odjel za fiziku (Sceduly)

Nositelji: Lucija Krce
Suradnici: Damir Kovačić, Tomislav Rončević

Ciljevi predmeta

Razumijevanje principa rada biofizičkih eksperimentalnih metoda i tehnika.
Samostalno prikupljanje podataka u osnovnim režimima rada AFM-a, SEM-a, DLS-a te fluorescencijskog mikroskopa. Razumijevanje i vrednovanje dobivenih mjerenja.

Uvjeti (kompetencije) za upis predmeta

Očekivani ishodi učenja

Nakon položenog kolegija, studenti će biti u stanju:

1. Savladati osnove rukovanja bakterijskim kulturama

2. izmjeriti i odrediti koncentraciju peptida te njihov utjecaj na prokariotske i eukariotske stanice

3. Razumjeti princip rada i primjenu skenirajućeg elektronskog mikroskopa (SEM)

4. Analizirati mjerenja u softveru ImageJ i Gwyddion

5. Razumjeti princip rada i primjenu transmisijskog elektronskog mikroskopa (TEM)

6. Razumjeti princip rada i primjenu mikroskopa atomskom silom (AFM)

7. Razumjeti princip rada i primjenu fluorescencijskog mikroskopa

8. Mjeriti Youngov modul elastičnosti humanih stanica

9. Razumjeti princip rada i primjenu uređaja za dinamičko raspršenje svjetlosti (DLS)

10. Mjeriti distribuciju veličina micela pomoću DLSa

Sadržaj predmeta

Predavanja:

(2h) osnove mikroskopije atomskom silom i primjena u biofizici

(1h) osnove spektroskopije atomskom silom i primjena u biofizici

(2h) osnove skenirajuće elektronske mikroskopije i primjena u biofizici

(2h) osnove transmisijske elektronske mikroskopije i primjena u biofizici

(2h) osnove dinamičkog raspršenja svjetlosti i primjena u biofizici

(1h) osnove fluorescencijske mikroskopije i primjena u biofizici

Vježbe:

Antimikrobni peptidi (AMP) – mjerenje koncentracije i aktivnosti

(4h) Dizajn peptida i određivanje biofizikalnih karakteristika dostupnim 'on-line' alatima

(2h) Određivanje koncentracije peptida – spektrofotometrijsko mjerenje

(2h) Minimalna inhibitorna koncentracija AMP-a

(2h) Hemolitična aktivnost AMP-a

(1h) SEM mjerenja AFM probe

(3h) Priprema bakterijskih uzoraka za SEM analizu

(4h) SEM mjerenja bakterijskih stanica

(2h) Analiza SEM podataka u softveru ImageJ

(1h) Priprema bakterijskih uzoraka za mjerenja na fluorescencijskom mikroskopu

(1h) Mjerenje na fluorescencijskom mikroskopu

(1h) Analiza fluorescencijskih slika u softveru Image

(2h) Priprema uzoraka za TEM analizu i korištenje TEM-a

(1h) Priprema humanih stanica za AFM analizu

(4h) AFM mjerenja

(2h) Obrada AFM podataka u softveru Gwyddion

(2h) Spektroskopija atomskom silom na humanim stanicama

(2h) Obrada krivulja prikupljenih pomoću spektroskopije atomskom silom – mjerenje Youngovog modula primjenjujući Hertz/Sneddon model

(1h) Priprema uzorka za DLS mjerenja

(2h) Mjerenja distribucije veličine micela pomoću DLS-a.

(1h) Obrada DLS podataka.

Vrste izvođenja nastave

- Predavanja
- Samostalni zadaci
- Laboratorij

Obveze studenata

Praćenje rada studenata (ECTS)

- Pohađanje nastave (0.4)
- Istraživanje (0.5)
- Eksperimentalni rad (1.1)
- Referat (2)

Ocjenjivanje i vrjednovanje rada studenata

Obvezna literatura

Interna skripa

Znanstveni članci iz biofizike

Izborna literatura

Phillips, Kondev, Theriot: Physical biology of the cell, Garland Science, 2009

Načini praćenja kvalitete

1. Nastavnici, koji imaju predmete koreliranih ishoda učenja, surađuju i zajednički vode brigu o kvaliteti nastave.
2. Statistika ispitnih rezultata i vrednovanje uspješnosti u skladu s navedenim ishodima učenja.
3. Studentsko evaluiranje putem anonimne ankete koja se provodi prema pravilniku Sveučilišta u Splitu. 

Izvedba

Sveučilišni diplomski studij
• Fizika; smjer: Biofizika (obvezni 2. sem.)

Napomene:
Vrste nastave (tip): (P) Predavanja; (S) Seminari; (A) Auditorne vježbe; (PK) Vježbe u praktikumu; (L) Laboratorijske vježbe; (M) Metodičke vježbe; (TJ) Vježbe tjelesnog odgoja; (T) Terenske vježbe.
Prije početka nastave moguće su rošade izvođača nastave u svrhu optimizacije opterećenja. Prikazana je testna verzija automatskog generiranja informacija.